药用部位主要为菌类的菌核、子实体或子座与幼虫尸体的复合体，这类中药称为菌类中药。

　　菌类一般不含有光合作用的色素，不能进行光合作用，营养方式为异养。与药用关系密切的是细菌门和真菌门。

　　细菌是单细胞植物，无真正的核，细胞壁主要由蛋白质、类脂质和多糖复合物组成，一般不具纤维素壁。其中放线菌是抗生素的主要产生菌，迄今已知的抗生素中，有2/3是由放线菌产生的，如氯霉素、链霉素、金霉素、土霉素、四环素等。

　　真菌是有细胞核的植物，细胞壁大多具有几丁质成分，少数含有纤维素。真菌的营养体除少数原始种类是单细胞外，一般都是由多数分枝或不分枝，分隔或不分隔的菌丝交织在一起，组成菌丝体。

　　储藏的营养物质是肝糖、油脂和菌蛋白，不含淀粉。

　　中药药用以真菌门为主，真菌类中药以子囊菌纲和担子菌纲植物为最多。

　　子囊菌的主要特征是在特殊的子囊中形成子囊孢子来繁殖，如冬虫夏草、蝉花、竹黄等药用菌。

　　担子菌的主要特征是在特殊的担子上形成担孢子来繁殖。药用部分主要是子实体，如马勃、灵芝等;菌核，如猪苓、茯苓、雷丸等。

　　菌类常含多糖、氨基酸、生物碱、蛋白质、蛋白酶、甾醇和抗菌素等成分。其中多糖类如灵芝多糖、茯苓多糖、猪苓多糖、银耳多糖、云芝多糖等有增强免疫及抗肿瘤作用。